90年代後半から続くバブル経済崩壊後の構造不況により、市場ニーズは大きく冷え込みます。こうした状況に対応するため、コクヨは流通システムの改革や組織再編、あるいは成長著しいする中国市場への本格的参入など、様々な対策を打ち出します。そのひとつが、ネットワーク型流通ビジネスの開発で、初の試みが、97年に運用をスターさせた事務用消耗品受注代行システム「べんりねっと」です。翌98年には販売店支援を目的にしたカタログ通販ビジネス「C-Business(のちの@オフィス)」が、さらに2001年には、soho、小規模事務所を対象としたオフィス用品の総合通販事業「カウネット」がスタートしました。
また、ネット通販への参入により、物流が重複化、複雑化したことを受けて、効率の最大化を期した新物流センターの建設や、流通販社の再編を実施しました。この時期にスタートした、もうひとつのユニークな取り組みが、ユニバーサルデザイン。99年発売のクリヤーブック<ウェブレ>以降、数々の優れたUD商品が誕生しています。そして、2005年、コクヨは創業100周年を迎えました。